蝇类是我们熟悉、也是主要的卫生害虫，对人的危害有以下几个方面：
机械性传播疾病
机械性传播疾病是蝇类传播病原体的主要方式。蝇类的体表多毛，足部爪垫能分泌粘液，喜在人或畜的粪尿、痰、呕吐物以及尸体等处爬行觅食，极容易附着大的病原体，又常在人体、食物、餐饮具上停留，蝇类停落时有搓足和刷身的习性，而且边吃、边吐、边拉，因此成为人类疾病原体的主要机械性传播者。
蝇类能机械性携带传递多种病原体，目前已证实蝇类能携带的细菌有100多种，原虫约30种，病毒20种。
蝇类传播的疾病及传染源如下：
消化道疾病：痢疾、伤寒、霍乱、肠道蠕虫、原虫病等，其传染源为人粪。
呼吸道疾病：如肺结核、传染源为痰液和粪便。
眼病：沙眼、眼结膜炎，传染源为眼分泌物。
皮肤病：细菌性皮炎、雅司病，传染源为皮肤患处的分泌物。
神经系统疾病：如脊髓灰炎，传染源为口鼻分泌物和粪便。
机械性传染的疾病中以消化道疾病为常见，主要发生在夏秋季节性，重要传播蝇种为家蝇、大头金蝇等。
2、引起蝇蛆症
蝇类幼期寄生于人、畜活体组织或腔道而引起蝇蛆症，其危害很大，尤其是对畜物。按寄生的不同种类、部位和程度可分为偶然性蝇蛆症、半特异性蝇蛆症和特异性蝇蛆症。
3、骚扰吸血
吸血蝇有螯蝇、角蝇、血蝇。主要危害家畜，吸血骚扰可使产肉和产奶大幅下降，还造成家畜之间的疾病传播，给畜牧带来严重经济损失。螯蝇数多时，可在海水浴场侵袭游泳人群，使人难以忍受，在一些地区经给旅游带来麻烦。即便是不吸血的家蝇对人的骚扰也比较明显，如在人们休息或午睡时，有一两只家蝇在脸上、手上或腿上爬行，使人不得安宁。随着我国社会和经济的快速发展，人们对环境和生活都有了更高的要求。因此，蝇类防治工作越来越受到人们的关注。
蚊类
蚊类不仅刺吸人血，而且传播多种严重的疾病，因此蚊类一直是国内外卫生害虫防治的重要对象。经济发达的国家对此更重视，如美国除了有全国性的美国蚊虫防治协会，还有州级协会促进这项工作。
蚊类传播的疾病统称蚊媒病。我国流行的蚊媒病有四类：疟疾、丝虫病、乙型脑炎、登革热。前三类疾病经过的防治，发病率已大大下降，但仍然是我国危害人民健康的重要疾病。登革热更值得重视，1945年登革热在汉口等地大流行，70年代和80年代在广东、海南发生流行。要预防和控制它的发生和流行，主要依靠防治其媒介——蚊类。淡色库蚊和致倦库蚊是斑氏丝虫及乙型脑炎的传播媒介，白纹伊蚊可以传播流行性乙型脑炎和登革热，埃及伊蚊传播登革热，而疟疾是由按蚊（如中华按蚊）传播的。
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